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La Notation Systématique Condensée (NSC)

par Jacques-Deric Rouault

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4 Mai 2012

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Jacques-Deric Rouault, 2012. La Notation Systématique Condensée (NSC). Rastell Toull page C138

Présentation

    Dans le cadre de la classification des éléments transposables, je travaille avec des éléments qui proviennent de tout ce qui est vivant : des amimaux, des plantes, des champignons, des bactéries, mais également des protistes, des archées, des virus ... Et au seul vu des noms d'espèces, il n'est pas évident de deviner si deux espèces qui hébergent des éléments transposables voisins sont très proches ou au contraire très éloignées.

    Pour la classification des éléments transposables, je code sur 3 lettres le nom de la SuperFamille, le nom de la Famille, le nom de la SousFamille et le nom de la Tribu, et je concatene le tout. Par exemple, pour l'élément Mos1, cela donne DTTMarMauDip, ce qui se traduit par le Tribu Dipteris de la SousFamille Mauritiana de la Famille Mariner de la SuperFamille Tc1-Mariner-IS630 ou DTT, code défini par Wicker et al en 2007. A l'usage, cette codification sur 12 caractères qui résume la classification sé révèle extrèmement pratique et irremplaçable.

    Je me suis alors posé la question de généraliser ce type de codification pour les différentes espèces sur lesquelles je travaille, de façon à en faciliter la caractérisation de la position systématique dans l'arbre de la vie. De façon évidente, ce type de notation est un cas particulier de l'écriture condensée, avec des mots de 3 lettres, chacun commençant par une majuscule.

Le Principe

La classification des millions d'espèces vivantes connues est une discipline en perpétuelle évolution, avec des révolutions déchirantes depuis l'usage des phylogénies moléculaires. Certaines branches, comme dans le groupe des protistes ont encore des statuts très provisoires, et variables selon les auteurs. Au cours de l'évolution de la classification, on peut constater que certain noeuds de l'arbre du vivants sont relativement stables, même si les branches qui les relient peuvent voir leur topologie être de temps à autre bouleversée. Il s'agit de niveaux comme les phylums, classe, ordre, famille.

D'où l'idée d'associer un mot de trois lettres à chacun de ces niveaux. Ainsi AniArtInsDipDro désigne la famille des Drosophilidae de l'ordre des Diptères de la classe des Insectes du phylum des Arthropodes du regne des Animaux. Toute la phylogénie est résumée dans un mot de 15 lettres,avec une codification transparente pour celui qui connait un minimum la classification.

Le Premier niveau

Dans ce premier niveau, nous allons préciser les domaines, règnes ou pseudo-règnes. La page d'accueil de Wikispecies donne 8 branches qui partent de la racine de la vie, à laquelle nous ajoutons une neuvième, celle des éléments transposables :

Domaine	Règne	Code
Archaea		Arc
Bacteria		Bac
Eukaryota	Protista	Pro
	Fongi	Fon
	Plantae	Plan
	Animalia	Ani
Virus		Vir
Elements transposables		Tra

Dans l'avenir, nous allons progressivement préciser la notation systématique condensée pour chacun des ces domaine/règnes, au fur et à mesure des besoins.

Rien n'empèche d'étendre ce système d'écriture aux gènes ou aux plasmides ..., et à tout de qui peut être rangé et structuré à l'aide d'une méthode de catégorisation.

Sources

http://species.wikimedia.org/wiki/Accueil
http://fr.wikipedia.org/wiki/NSC

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C138	La notation systématique condensée	Jacques-Deric Rouault	B43 Biologie	Classification	Article original

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	Les Virus en notation systématique condensée	Jacques-Deric Rouault	Biologie	Classification	Article original
	Les Eléments transposables en notation systématique condensée	Jacques-Deric Rouault	Biologie	Classification	Article original